Zarządzanie alergenami to w pierwszej kolejności rzetelne znakowanie wyrobów bazujące na skrupulatnej identyfikacji alergenów w surowcach – co wymaga dobrze zorganizowanej współpracy z dostawcami (szczególny nacisk należy położyć na zagadnienie alergenów ukrytych) i produkcie gotowym. Proces zarządzania alergenami to również stosowanie odpowiednich praktyk i procedur w celu zapobiegania zanieczyszczeniom krzyżowym, prawidłowe procesy dezynfekcji i mycia oraz właściwe magazynowanie surowców.