Zwalczanie szkodników jest częścią Dobrej Praktyki Produkcyjnej i warunkiem niezbędnym dla procedur opierających się na systemie HACCP. Jako integralna część systemu, powinna być prowadzona ze starannością oraz właściwie udokumentowana. W każdym zakładzie powinien funkcjonować system kontroli i monitorowania obecności szkodników, jak również program stosowania odpowiednich środków zabezpieczających, adekwatnych do charakterystyki produkcyjnej danego zakładu i jego otoczenia.