Każdy z zakładów przetwórstwa mleka w analizie zagrożeń systemu HACCP powinien mieć opisane trzy grupy zanieczyszczeń: biologiczne, chemiczne i fizyczne. Zazwyczaj najwięcej uwagi poświęca się zagrożeniom biologicznym. Wynika to z obowiązku regularnych badań mikrobiologicznych produktów oraz higieny procesu oraz zagrożenia zatruciem pokarmowym. Ale zanieczyszczenia chemiczne również mogą znacząco wpływać na odbiór produktu i producenta przez konsumenta.