Zarządzanie alergenami w żywności jest niezwykle istotnym zagadnieniem w produkcji żywności. Skuteczne zarządzanie alergenami zależy między innymi od prawidłowej ich identyfikacji w surowcach i produktach gotowych, umiejętności projektowania oddzielnych linii technologicznych dla żywności wolnej od alergenów, mycia i dezynfekcji oraz prawidłowego i jasnego dla konsumenta znakowania alergenów na opakowaniach.